國道計程收費上路後，eTag問題一大堆，包括重複扣款、客服電話沒人接、APP當機甚至資安等問題，對此遠通電收說，重複扣款是因為後端系統優化，會原價退回，但不會加倍奉還，至於駭客入侵主機，遠通強調，用路人個資絕對沒有外洩。
用路人火氣很大，因為eTag問題一堆，這名計程車司機不是單一個案，還有人跨夜的免費里程20公里沒被算到，還有里程試算跟實際扣款不一，都被罵翻。
除了之外還有帳務問題，餘額會莫名消失，扣款更離譜，有人南北向門架都被扣，有人通過一個門架被扣2次，連沒啟用的eTag放在後座都被扣錢。
遇到問題還無處可問，因為客服電話打不通，沒有0800免付費電話，非用戶無法查明細，列印明細還要收2元列印費，連資安都出包，元旦被駭客攻擊APP，當機一個禮拜都不能用，直到7日才上線，但只有Android系統可以用，拿iPhone的還要等2週， 7日又被駭客入侵主機，管理員帳號全曝光。
至於，重複扣款是因為後端系統優化，才會出包，經人工檢核會原價退回，但交通部長要求的「加倍奉還」做不到，遠通說，因為合約沒有這項補償規範。
此外，遠通的客服、網站等服務問題，立委也輪番質詢。葉匡時在答詢立委質詢表示，遠通電收的服務，的確有待提升，「民眾對遠通不滿意，我們也不會滿意」已要求遠通增派線路跟服務人員，要「用力改善」。
